應(yīng)用

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備機(jī)械剪切試劑盒 v2 可制備適用于使用降解樣本的多類研究應(yīng)用的二代測(cè)序 (NGS) 文庫，這些應(yīng)用包括：

• 低頻體細(xì)胞變異 SNP 識(shí)別

• 插入/缺失 (insertions/deletion, indel)

• 識(shí)別遺傳種系 SNP 和 indel

• 全基因組測(cè)序 (WGS)

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備實(shí)驗(yàn)方案需要大約 4 個(gè)小時(shí)，僅包括四個(gè)主要步驟，充分減少了樣本處理操作（圖 1）：

• 末端修復(fù)。 末端修復(fù)酶混合物將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA（如 FFPE DNA）轉(zhuǎn)化為可用于連接的平末端 DNA。

• 連接 1。 在連接 1 酶的催化作用下，將連接 1 接頭單鏈添加到剪切 DNA 片段的 3' 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來，可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個(gè)封閉基團(tuán)，以防止形成接頭二聚體。

• 連接 2。 連接 2 接頭充當(dāng)引物，與連接 1 接頭互補(bǔ)，填充堿基間隙，然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端，以形成雙鏈產(chǎn)物。

• PCR 擴(kuò)增。 包含 xGen 2x HiFi PCR 混合液，用于執(zhí)行加標(biāo)簽 PCR（引物單獨(dú)出售），以便于進(jìn)行 Illumina® 測(cè)序。

圖 1. xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒工作流程。 在第一步中，末端修復(fù)酶將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA 轉(zhuǎn)化為可用于連接的平末端 DNA。然后，在連接 1 酶的催化作用下，將連接 1 接頭單鏈添加到 DNA 插入片段的 3′ 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來，可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個(gè)封閉基團(tuán)，以防止形成接頭二聚體。連接 2 接頭充當(dāng)引物，與連接 1 接頭互補(bǔ)，填充堿基間隙，然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端，形成雙鏈產(chǎn)物。在最后一步中，通過 IDT 2x HiFi PCR 混合液進(jìn)行 PCR，在片段上加上樣本標(biāo)簽序列，以便在 Illumina® 平臺(tái)上測(cè)序。

技術(shù)詳情

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒包括末端修復(fù)、連接 1 和連接 2 反應(yīng)以及 PCR 所需的所有試劑。

表 1. 規(guī)格參數(shù)、更多試劑和設(shè)備。

雜交捕獲研究實(shí)驗(yàn)的完整流程

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒經(jīng)過優(yōu)化，可與 xGen 雜交捕獲探針和試劑無縫配合使用（圖 2）。無論您的項(xiàng)目需要全外顯子組測(cè)序還是定制探針組，IDT 均可提供適合您的捕獲解決方案。

圖 2. 雜交捕獲和測(cè)序研究工作流程概覽。

Syntezza Bioscience 成立于 2003 年，專注于在以色列提供先進(jìn)的分子生物學(xué)產(chǎn)品和測(cè)序服務(wù)，我們是以色列的供應(yīng)商。 Syntezza 為學(xué)術(shù)和政府研究機(jī)構(gòu)、醫(yī)院和 HMO 以及制藥、農(nóng)業(yè)、環(huán)境、生物技術(shù)和醫(yī)療診斷行業(yè)的企業(yè)客戶提供服務(wù)。Syntezza經(jīng)銷IDT-Integrated DNA Technologies全系列DNA、RNA和CRISPR產(chǎn)品，IDT和MGI的NGS Library Prep試劑盒，GRiSP的研究試劑，BioBasic的定制基因和肽，BioBasic的定制mRNA和庫存產(chǎn)品TriLink、GenTegra 的 DNA 和 RNA 穩(wěn)定試劑盒以及內(nèi)部開發(fā)的研究試劑。